Thống kê mô tả với gói psych trong R ~ Ứng dụng R trong lâm nghiệp

Thống kê mô tả là tóm tắt các giá trị của một tập dữ liệu, có thể đại diện cho một mẫu hoặc đại diện cho toàn bộ tổng thể. Thống kê mô tả giúp người phân tích mô tả và hiểu được các đặc điểm của một bộ dữ liệu cụ thể thông qua tóm tắt ngắn gọn về mẫu và các thông số của bộ dữ liệu. Trong phạm vi cái note này, mình muốn tập tành và chia sẻ một vài câu lệnh trong gói “psych” để phân tích một số chỉ tiêu thống kê cơ bản của bất kỳ một bộ dữ liệu cụ thể nào. Mình có tham khảo và bắt chước các câu lệnh trên cơ sở cuốn tài liệu Phân tích dữ liệu với R của GS Nguyễn Văn Tuấn [1].

CÁC CHỈ TIÊU THỐNG KÊ CƠ BẢN

Các giá trị thống kê cơ bản của một bộ dữ liệu cụ thể có thể tóm tắt như sau:

- Mean: số trung bình cộng;

- Median (Me): trung vị - giá trị đứng ở vị trí trung tâm, ở vị trí giữa trong dãy số sắp xếp từ nhỏ đến lớn;

- Mode (Mo): Mốt – chỉ tiêu thể hiện một giá trị hay một biểu hiện của một biến được lặp lại nhiều nhất trong dãy số hay tập dữ liệu ban đầu;

- Range: Khoảng biến thiên – khoảng cách giữa giá trị lớn nhất (Max) và giá trị nhỏ nhất (Min) của dãy số liệu. Range càng nhỏ thì tổng thể càng đồng đều, tức là Mean có tính đại hiện cao hơn và ngược lại, range càng nhỏ thì tổng thể kém đồng đều, tính đại diện của Mean càng thấp;

- Mean absolute deviation (MAD): Độ lệch tuyệt đối trung bình;

- Variance: Phương sai;

- Standard Variance: Độ lệch chuẩn;

- Standard error: Sai số chuẩn;

- Minimum: Giá trị nhỏ nhất;

- Maximum: Giá trị lớn nhất;

- Skewness: Độ xiên hay độ lệch;

THÔNG TIN VỀ BỘ DỮ LIỆU SỬ DỤNG

Dữ liệu mình muốn xác định các chỉ tiêu thống kê cơ bản có 14 cột, tương ứng với 14 biến khác nhau về sinh trưởng của các loài cây trồng rừng ngập mặn (cây Bần chua và cây Trang) được điều tra tại các xã ven biển của tỉnh Thái bình ở các độ tuổi khác nhau và được trồng với các phương thức trồng khác nhau (trồng thuần loài và trồng hỗn giao).

> names(RNM)

[1] "loai" "otc" "xa" "Phuong_thuc" "age" "Dg"

[7] "Hvn" "Dt1" "Dt2" "Sinh_truong" "Dt" "DelD"

[13] "DelH" "DelDt"

> RNM

loai otc xa Phuong_thuc age Dg Hvn Dt1 Dt2 Sinh_truong Dt DelD DelH DelDt

1 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 10.91 5.32 1.55 1.80 b 1.68 0.91 0.44 0.14

2 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.78 5.25 1.62 1.79 b 1.71 0.82 0.44 0.14

3 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.39 5.28 1.39 1.66 b 1.53 0.78 0.44 0.13

4 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.56 5.00 1.84 1.66 b 1.75 0.80 0.42 0.15

5 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.09 5.02 1.59 1.37 b 1.48 0.76 0.42 0.12

6 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 13.45 4.96 1.70 1.36 b 1.53 1.12 0.41 0.13

7 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.81 5.09 1.46 1.44 b 1.45 0.82 0.42 0.12

8 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 7.95 4.92 1.64 1.65 c 1.65 0.66 0.41 0.14

9 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 13.34 5.04 1.61 1.90 b 1.76 1.11 0.42 0.15

10 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.53 5.23 1.39 1.75 b 1.57 0.79 0.44 0.13

11 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 11.95 5.43 1.66 1.35 b 1.51 1.00 0.45 0.13

………………………………………………………………………………………………………..

60 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 13.92 5.56 1.44 1.72 b 1.58 1.16 0.46 0.13

61 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.52 5.78 1.55 1.80 a 1.68 0.79 0.48 0.14

62 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.81 5.84 1.44 1.83 a 1.64 0.82 0.49 0.14

63 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 13.33 5.84 1.56 1.48 a 1.52 1.11 0.49 0.13

64 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.39 5.96 1.65 1.75 a 1.70 0.78 0.50 0.14

65 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 12.83 5.89 1.87 1.74 a 1.81 1.07 0.49 0.15

66 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 10.89 5.79 1.62 1.61 b 1.62 0.91 0.48 0.13

67 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 8.21 5.70 1.79 1.53 b 1.66 0.68 0.48 0.14

68 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 9.03 5.85 1.92 1.50 b 1.71 0.75 0.49 0.14

69 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 12.03 5.87 1.60 1.39 b 1.50 1.00 0.49 0.12

70 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 8.57 5.86 1.38 1.61 b 1.50 0.71 0.49 0.12

71 Trang OTC1 Dong Long Thuan loai 12 10.83 5.79 1.66 1.86 b 1.76 0.90 0.48 0.15

[ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 2328 rows ]

Trước tiên để phân tích các chỉ tiêu thống kê cơ bản, cài đặt và sử dụng gói psych

>install.packages("psych")

> library(psych)

Sử dụng chức năng “describeBy” trong gói “psych” để tính toán các chỉ tiêu thống kê cơ bản theo MỘT hoặc NHIỀU NHÓM (hay đối tượng) thông qua một câu lệch ngắn gọn và đơn giản trên môi trường “R”.

PHÂN TÍCH THỐNG KÊ THEO 1 NHÓM (ĐỐI TƯỢNG LOÀI)

> describeBy(RNM,list(RNM$loai))

Descriptive statistics by group

: Ban chua (đối tượng loài cây)

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 563 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

otc* 2 563 14.51 8.82 13.00 14.18 10.38 1.00 32.00 31.00 0.28 -1.05 0.37

xa* 3 563 5.75 2.75 6.00 5.75 2.97 1.00 10.00 9.00 -0.09 -1.17 0.12

Phuong_thuc* 4 563 1.45 0.50 1.00 1.44 0.00 1.00 2.00 1.00 0.20 -1.97 0.02

age 5 563 5.80 2.86 6.00 5.67 2.97 1.00 17.00 16.00 0.75 1.93 0.12

Dg 6 563 12.97 6.24 12.70 12.53 6.82 3.37 35.40 32.03 0.60 0.10 0.26

Hvn 7 563 5.12 2.14 5.50 5.12 2.22 1.02 11.00 9.98 -0.05 -0.64 0.09

Dt1 8 563 2.92 1.74 2.50 2.69 1.48 0.60 12.00 11.40 1.87 5.19 0.07

Dt2 9 563 2.83 1.75 2.50 2.60 1.48 0.46 12.00 11.54 1.88 5.17 0.07

Sinh_truong* 10 563 2.91 0.44 3.00 3.00 0.00 1.00 4.00 3.00 -3.84 14.45 0.02

Dt 11 563 2.87 1.73 2.50 2.64 1.48 0.54 12.00 11.46 1.92 5.42 0.07

DelD 12 563 2.51 1.17 2.19 2.34 0.82 0.77 7.22 6.45 1.57 2.74 0.05

DelH 13 563 0.99 0.39 0.93 0.96 0.33 0.29 2.31 2.02 0.84 0.32 0.02

DelDt 14 563 0.57 0.34 0.46 0.52 0.21 0.14 1.75 1.61 1.53 2.15 0.01

----------------------------------------------------------------------------------------

: Trang

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 1836 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

otc* 2 1836 13.38 8.06 14.00 13.42 11.86 1.00 26.00 25.00 -0.02 -1.39 0.19

xa* 3 1836 4.79 2.94 4.00 4.61 2.97 1.00 10.00 9.00 0.43 -1.13 0.07

Phuong_thuc* 4 1836 1.39 0.49 1.00 1.36 0.00 1.00 2.00 1.00 0.46 -1.79 0.01

age 5 1836 7.42 2.84 7.00 7.44 2.97 1.00 12.00 11.00 -0.04 -0.98 0.07

Dg 6 1836 9.12 2.97 9.20 9.14 2.97 1.40 16.90 15.50 -0.08 -0.18 0.07

Hvn 7 1836 4.05 1.22 4.10 4.09 1.48 1.03 6.50 5.47 -0.28 -0.71 0.03

Dt1 8 1836 1.77 0.63 1.70 1.76 0.59 0.24 4.00 3.76 0.19 -0.16 0.01

Dt2 9 1836 1.71 0.60 1.60 1.68 0.59 0.45 3.50 3.05 0.32 -0.25 0.01

Sinh_truong* 10 1836 1.99 0.22 2.00 2.00 0.00 1.00 3.00 2.00 -0.93 18.23 0.01

Dt 11 1836 1.74 0.58 1.70 1.73 0.55 0.38 3.50 3.12 0.10 -0.24 0.01

DelD 12 1836 1.32 0.37 1.31 1.30 0.39 0.51 2.70 2.19 0.37 -0.04 0.01

DelH 13 1836 0.59 0.18 0.55 0.57 0.15 0.17 1.32 1.15 1.10 1.65 0.00

DelDt 14 1836 0.26 0.11 0.25 0.25 0.12 0.09 0.62 0.53 0.87 0.16 0.00

HOẶC THEO ĐỘ TUỔI

> describeBy(RNM,list(RNM$age))

Descriptive statistics by group

: 1

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 93 1.51 0.50 2.00 1.51 0.00 1.00 2.00 1.00 -0.02 -2.02 0.05

xa* 2 93 1.52 0.50 2.00 1.52 0.00 1.00 2.00 1.00 -0.06 -2.02 0.05

age 3 93 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

Dg 4 93 3.52 1.80 2.70 3.37 1.48 1.40 7.20 5.80 0.61 -1.04 0.19

Hvn 5 93 1.33 0.29 1.20 1.30 0.16 1.02 2.20 1.18 1.07 0.08 0.03

Dt 6 93 0.77 0.46 0.55 0.70 0.15 0.38 1.69 1.31 1.16 -0.49 0.05

DelD 7 93 3.52 1.80 2.70 3.37 1.48 1.40 7.22 5.82 0.61 -1.03 0.19

DelH 8 93 1.33 0.29 1.22 1.29 0.19 1.02 2.20 1.18 1.07 0.08 0.03

DelDt 9 93 0.77 0.46 0.55 0.70 0.15 0.38 1.69 1.31 1.16 -0.49 0.05

---------------------------------------------------------------

: 3

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 147 1.30 0.46 1.00 1.25 0.00 1.00 2.00 1.00 0.87 -1.26 0.04

xa* 2 147 1.97 0.78 2.00 1.96 1.48 1.00 3.00 2.00 0.06 -1.37 0.06

age 3 147 3.00 0.00 3.00 3.00 0.00 3.00 3.00 0.00 NaN NaN 0.00

Dg 4 147 5.74 1.86 4.90 5.50 1.05 3.60 12.40 8.80 1.18 0.76 0.15

Hvn 5 147 3.02 1.18 2.50 2.83 0.44 1.30 6.90 5.60 1.51 1.52 0.10

Dt 6 147 1.47 0.88 1.22 1.38 0.92 0.44 4.00 3.56 0.84 -0.23 0.07

DelD 7 147 1.91 0.62 1.64 1.83 0.36 1.21 4.14 2.93 1.19 0.80 0.05

DelH 8 147 1.01 0.39 0.84 0.94 0.15 0.45 2.31 1.86 1.53 1.60 0.03

DelDt 9 147 0.49 0.29 0.41 0.46 0.31 0.15 1.33 1.18 0.84 -0.23 0.02

---------------------------------------------------------------

: 4

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 225 1.84 0.37 2.00 1.92 0.00 1.00 2.00 1.00 -1.84 1.40 0.02

xa* 2 225 1.91 0.72 2.00 1.88 1.48 1.00 3.00 2.00 0.14 -1.06 0.05

age 3 225 4.00 0.00 4.00 4.00 0.00 4.00 4.00 0.00 NaN NaN 0.00

Dg 4 225 7.25 3.19 6.40 6.72 2.08 3.40 19.10 15.70 1.72 3.10 0.21

Hvn 5 225 3.17 1.00 3.00 3.00 0.74 1.80 7.50 5.70 2.17 5.82 0.07

Dt 6 225 1.82 0.91 1.55 1.64 0.52 0.84 4.47 3.63 1.61 1.58 0.06

DelD 7 225 1.81 0.80 1.60 1.68 0.53 0.85 4.78 3.93 1.72 3.09 0.05

DelH 8 225 0.79 0.25 0.74 0.75 0.18 0.46 1.88 1.42 2.17 5.84 0.02

DelDt 9 225 0.45 0.23 0.39 0.41 0.13 0.21 1.12 0.91 1.61 1.57 0.02

---------------------------------------------------------------

PHÂN TÍCH THỐNG KÊ THEO 2 NHÓM (ĐỐI TƯỢNG LOÀI VÀ XÃ)

> describeBy(RNM,list(RNM$loai,RNM$xa))

Descriptive statistics by group

: Ban chua

: Dong Hoang

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 27 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

xa* 2 27 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

age 3 27 6.74 3.35 5.00 6.61 1.48 4.00 11.00 7.00 0.48 -1.80 0.64

Dg 4 27 17.26 4.74 18.50 17.45 5.19 7.00 25.80 18.80 -0.36 -0.61 0.91

Hvn 5 27 7.59 2.25 7.00 7.69 2.97 2.00 11.00 9.00 -0.40 -0.47 0.43

Dt 6 27 5.63 3.07 4.50 5.51 3.71 1.40 12.00 10.60 0.28 -1.23 0.59

DelD 7 27 3.08 1.41 2.87 3.08 2.12 1.19 5.16 3.97 0.06 -1.77 0.27

DelH 8 27 1.30 0.50 1.25 1.31 0.74 0.50 1.94 1.44 -0.19 -1.62 0.10

DelDt 9 27 0.87 0.40 0.86 0.84 0.34 0.35 1.75 1.40 0.84 -0.24 0.08

---------------------------------------------------------------

: Trang

: Dong Hoang

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 244 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

xa* 2 244 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

age 3 244 7.13 3.15 5.00 7.04 1.48 4.00 11.00 7.00 0.39 -1.79 0.20

Dg 4 244 7.85 2.24 7.60 7.67 2.15 3.80 14.60 10.80 0.72 0.33 0.14

Hvn 5 244 3.87 1.57 3.20 3.81 1.63 1.60 6.50 4.90 0.35 -1.54 0.10

Dt 6 244 1.71 0.51 1.72 1.68 0.55 0.62 3.00 2.38 0.37 -0.42 0.03

DelD 7 244 1.26 0.50 1.12 1.22 0.49 0.51 2.48 1.97 0.61 -0.66 0.03

DelH 8 244 0.56 0.11 0.55 0.55 0.07 0.32 0.91 0.59 1.08 1.81 0.01

DelDt 9 244 0.27 0.11 0.25 0.26 0.12 0.09 0.60 0.51 0.77 -0.01 0.01

---------------------------------------------------------------

PHÂN TÍCH THỐNG KÊ THEO 3 NHÓM (ĐỐI TƯỢNG LOÀI, XÃ, VÀ ĐỘ TUỔI)

> describeBy(RNM,list(RNM$loai,RNM$xa,RNM$age))

---------------------------------------------------------------

: Ban chua

: Thuy Hai

: 6

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 15 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

xa* 2 15 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

age 3 15 6.00 0.00 6.00 6.00 0.00 6.00 6.00 0.00 NaN NaN 0.00

Dg 4 15 15.93 1.96 15.90 16.03 2.08 12.00 18.50 6.50 -0.43 -1.04 0.51

Hvn 5 15 5.63 0.84 5.70 5.67 1.04 4.00 6.70 2.70 -0.60 -0.97 0.22

Dt 6 15 2.13 0.61 2.00 2.08 0.74 1.50 3.50 2.00 0.62 -0.65 0.16

DelD 7 15 2.66 0.33 2.65 2.67 0.36 2.00 3.09 1.09 -0.42 -1.04 0.08

DelH 8 15 0.94 0.14 0.95 0.94 0.18 0.67 1.12 0.45 -0.58 -1.03 0.04

DelDt 9 15 0.36 0.10 0.33 0.35 0.12 0.25 0.58 0.33 0.60 -0.75 0.03

---------------------------------------------------------------

: Trang

: Thuy Hai

: 6

vars n mean sd median trimmed mad min max range skew kurtosis se

loai* 1 58 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

xa* 2 58 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.00 NaN NaN 0.00

age 3 58 6.00 0.00 6.00 6.00 0.00 6.00 6.00 0.00 NaN NaN 0.00

Dg 4 58 10.09 1.82 10.55 10.14 2.08 6.90 12.70 5.80 -0.29 -1.27 0.24

Hvn 5 58 3.45 0.42 3.45 3.45 0.59 2.80 4.10 1.30 0.02 -1.34 0.06

Dt 6 58 1.85 0.15 1.83 1.85 0.14 1.57 2.18 0.61 0.32 -0.53 0.02

DelD 7 58 1.68 0.30 1.76 1.69 0.35 1.15 2.12 0.97 -0.29 -1.27 0.04

DelH 8 58 0.57 0.07 0.58 0.57 0.10 0.47 0.68 0.21 0.00 -1.36 0.01

DelDt 9 58 0.31 0.02 0.30 0.31 0.02 0.26 0.36 0.10 0.33 -0.59 0.00

---------------------------------------------------------------

Ngoài ra, nếu bạn chỉ quan tâm đến các chỉ tiêu thống kê (mean: trung bình, sd: sai tiêu chuẩn, và se: sai số chuẩn) có thể lược bớt thông qua thêm chức năng: skew=F,range=F

> describeBy(RNM,list(RNM$loai,RNM$xa,RNM$age,RNM$Phuong_thuc),skew=F,range=F)

---------------------------------------------------------------

: Ban chua

: Thuy Hai

: 6

vars n mean sd se

loai* 1 15 1.00 0.00 0.00

xa* 2 15 1.00 0.00 0.00

age 3 15 6.00 0.00 0.00

Dg 4 15 15.93 1.96 0.51

Hvn 5 15 5.63 0.84 0.22

Dt 6 15 2.13 0.61 0.16

DelD 7 15 2.66 0.33 0.08

DelH 8 15 0.94 0.14 0.04

DelDt 9 15 0.36 0.10 0.03

---------------------------------------------------------------

: Trang

: Thuy Hai

: 6

vars n mean sd se

loai* 1 58 1.00 0.00 0.00

xa* 2 58 1.00 0.00 0.00

age 3 58 6.00 0.00 0.00

Dg 4 58 10.09 1.82 0.24

Hvn 5 58 3.45 0.42 0.06

Dt 6 58 1.85 0.15 0.02

DelD 7 58 1.68 0.30 0.04

DelH 8 58 0.57 0.07 0.01

DelDt 9 58 0.31 0.02 0.00

---------------------------------------------------------------

Trong “R” có lệnh “summary” có thể cho chúng ta tất cả các thông tin thống kê về một biến số hoặc nhiều biến số. Các thông tin có được thông qua lệnh “summary”: Minimum (Min.), First quartile (1st Qu.), Median, Mean, Third quartile (3st Qu.), và Maximum (Max.). Kết quả như sau:

> summary(RNM)

loai otc xa Phuong_thuc

Length:2399 Length:2399 Length:2399 Length:2399

Class :character Class :character Class :character Class :character

Mode :character Mode :character Mode :character Mode :character

age Dg Hvn Dt1

Min. : 1.000 Min. : 1.40 Min. : 1.020 Min. : 0.240

1st Qu.: 5.000 1st Qu.: 7.20 1st Qu.: 3.100 1st Qu.: 1.400

Median : 7.000 Median : 9.53 Median : 4.300 Median : 1.800

Mean : 7.042 Mean :10.02 Mean : 4.301 Mean : 2.039

3rd Qu.: 9.000 3rd Qu.:12.20 3rd Qu.: 5.400 3rd Qu.: 2.500

Max. :17.000 Max. :35.40 Max. :11.000 Max. :12.000

Dt2 Sinh_truong Dt DelD

Min. : 0.45 Length:2399 Min. : 0.380 Min. :0.510

1st Qu.: 1.38 Class :character 1st Qu.: 1.400 1st Qu.:1.130

Median : 1.72 Mode :character Median : 1.760 Median :1.410

Mean : 1.97 Mean : 2.003 Mean :1.597

3rd Qu.: 2.40 3rd Qu.: 2.370 3rd Qu.:1.780

Max. :12.00 Max. :12.000 Max. :7.220

DelH DelDt

Min. :0.1700 Min. :0.0900

1st Qu.:0.4900 1st Qu.:0.1800

Median :0.6000 Median :0.2800

Mean :0.6851 Mean :0.3351

3rd Qu.:0.8000 3rd Qu.:0.4000

Max. :2.3100 Max. :1.7500

Diễn giải kết quả của chỉ tiêu Dg (đường kính gốc): giá trị nhỏ nhất (Min.) là 1,40cm, trung bình (Mean) là 10,02cm, giá trị lớn nhất (Max.) là 35,40cm, và hai chỉ số “1st Qu.” & “3st Qu.” có nghĩa là first quartile (tương đương với vị trí 25%) và thirdt quartile (tương đương với vị trí 75%) của một biến số. Ở đây, “1st Qu.” = 7,20 có nghĩa là 25% đối tượng cây trồng rừng ngập mặn có đường kính gốc bằng hoặc nhỏ hơn 7,20cm. Tương tự, “3st Qu.” = 12,20 có nghĩa là 75% đối tượng có đường kính gốc bằng hoặc nhỏ hơn 12,20cm, và số trung vị (median) bằng 9,53 cũng có nghĩa là 50% đối tượng cây trồng rừng ngập mặn có đường kính gốc lớn hơn 9,53cm (hay nhỏ hơn 9,53cm).

Kết quả trên cho cả 2 đối tượng nghiên cứu (cây Bần chua và cây Trang). Nếu chúng ta muốn kết quả cho từng đối tượng (cây Bần chua và cây Trang), có thể áp dụng hàm “by” trong “R” như sau:

> by(RNM,loai,summary)

loai: Ban chua

loai otc xa Phuong_thuc

Length:563 Length:563 Length:563 Length:563

Class :character Class :character Class :character Class :character

Mode :character Mode :character Mode :character Mode :character

age Dg Hvn Dt1 Dt2

Min. : 1.000 Min. : 3.37 Min. : 1.020 Min. : 0.600 Min. : 0.460

1st Qu.: 3.000 1st Qu.: 7.90 1st Qu.: 3.500 1st Qu.: 1.600 1st Qu.: 1.500

Median : 6.000 Median :12.70 Median : 5.500 Median : 2.500 Median : 2.500

Mean : 5.801 Mean :12.97 Mean : 5.121 Mean : 2.918 Mean : 2.832

3rd Qu.: 7.000 3rd Qu.:17.20 3rd Qu.: 6.500 3rd Qu.: 3.600 3rd Qu.: 3.500

Max. :17.000 Max. :35.40 Max. :11.000 Max. :12.000 Max. :12.000

Sinh_truong Dt DelD DelH DelDt

Length:563 Min. : 0.540 Min. :0.770 Min. :0.2900 Min. :0.1400

Class :character 1st Qu.: 1.620 1st Qu.:1.705 1st Qu.:0.7200 1st Qu.:0.3500

Mode :character Median : 2.500 Median :2.190 Median :0.9300 Median :0.4600

Mean : 2.875 Mean :2.512 Mean :0.9915 Mean :0.5711

3rd Qu.: 3.565 3rd Qu.:2.930 3rd Qu.:1.1700 3rd Qu.:0.6750

Max. :12.000 Max. :7.220 Max. :2.3100 Max. :1.7500

-----------------------------------------------------------------

loai: Trang

loai otc xa Phuong_thuc

Length:1836 Length:1836 Length:1836 Length:1836

Class :character Class :character Class :character Class :character

Mode :character Mode :character Mode :character Mode :character

age Dg Hvn Dt1 Dt2

Min. : 1.000 Min. : 1.400 Min. :1.03 Min. :0.240 Min. :0.450

1st Qu.: 5.000 1st Qu.: 7.200 1st Qu.:3.10 1st Qu.:1.380 1st Qu.:1.300

Median : 7.000 Median : 9.200 Median :4.10 Median :1.700 Median :1.600

Mean : 7.422 Mean : 9.119 Mean :4.05 Mean :1.769 Mean :1.706

3rd Qu.: 9.250 3rd Qu.:11.100 3rd Qu.:5.10 3rd Qu.:2.200 3rd Qu.:2.000

Max. :12.000 Max. :16.900 Max. :6.50 Max. :4.000 Max. :3.500

Sinh_truong Dt DelD DelH DelDt

Length:1836 Min. :0.380 Min. :0.510 Min. :0.1700 Min. :0.0900

Class :character 1st Qu.:1.350 1st Qu.:1.050 1st Qu.:0.4700 1st Qu.:0.1700

Mode :character Median :1.700 Median :1.310 Median :0.5500 Median :0.2500

Mean :1.735 Mean :1.317 Mean :0.5911 Mean :0.2627

3rd Qu.:2.120 3rd Qu.:1.550 3rd Qu.:0.6800 3rd Qu.:0.3200

Max. :3.500 Max. :2.700 Max. :1.3200 Max. :0.6200

Để có cái nhìn tổng quan về các thông tin thống kê về một biến số hoặc nhiều biến số thông qua lệnh “summary” bạn có thể vẽ biểu đồ hộp (boxplot) cho từng biến hoặc tất cả các biến số. Trong ví dụ mình chỉ vẽ cho biến Dg (đường kính gốc).

> d=ggplot(RNM,aes(x=xa,y=Dg))+geom_boxplot()+xlab("Xã")+ylab("Đường kính gốc (cm)")+theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))

Ý nghĩa của biểu đồ hộp mình có giải thích bên trên và được thể hiện các giá trị cũng như ý nghĩa qua hình sau:

Trong phạm vi bài chia sẻ này, mình muốn sơ lược qua một vài thông tin về các chỉ tiêu thống kê cơ bản cho từng biến (các chỉ tiêu sinh trưởng phát triển của cây trồng rừng ngập mặn ven biển tại tỉnh Thái Bình) cũng như giải thích và minh họa cụ thể một chút về giá trị của các chỉ tiêu thống kê mà bất kỳ một bài nghiên cứu, báo cáo nào cũng cần phải đề cập tới. Tuy nhiên, các phần mềm thống kê (ngay cả Excel) cũng làm được chuyện đó, nhưng không phải cái nào cũng thuận lợi (nhanh, gọn, nhẹ) trong quá trình xử lý, đặc biệt là dữ liệu lớn (hàng vạn dòng, thậm chí cả triệu dòng dữ liệu), và “R” sẽ giúp bạn điều đó. Ngoài chức năng (summary, by, hay gói “psych”) còn có nhiều gói khác cũng làm được. Ở cái note khác mình sẽ chia sẻ thêm về điều này hoặc chia sẻ một chút về sự thuận lợi khi phân tích các chỉ tiêu thông kê cơ bản trên môi trường “R” với các phân tích thống kê cơ bản ở trên nền tảng Excel hay SPSS.

Chúc các bạn tập tành vui khỏe, hẹn gặp lại ở bài tiếp theo. Trân trọng!

===================================================

(1) Nguyễn Văn Tuấn (2014). Phân tích dữ liệu với R. Nxb Tổng hợp TP HCM.

Ứng dụng R trong lâm nghiệp

Saturday, 8 May 2021

Thống kê mô tả với gói psych trong R

0 nhận xét:

Post a Comment

Categories

Author

Contact Form

Blog Archive

Labels

Pages - Menu

Popular

Total Pageviews

Popular Posts

Recent Posts

Text Widget